پس از جنگ صفين، گروهي از لشكريان حضرت علي (ع) از ايشان جدا شدند كه به آنها عنوان "خوارج" داده شد. اميرالمومين علي (ع) در نهروان با آنها جنگيد و بسياري از آنان را كشت. اما خوارج و آراء و عقايد آنها از بين نرفت و حتي آنان در صدد قتل حضرت علي (ع) درآمدند و نهايتا نيز در اين كار موفق شدند. حضرت علي (ع) در سحرگاه 19 رمضان سال 40 هـ . ق در مسجد كوفه از دست عبدالرحمن ملجم مرادي (ابن ملجم)، يكي از خوارج متعصب، ضربت خورد و دو روز بعد يعني در 21 رمضان، بر اثر اين ضربۀ مهلك سمي، كه بر سرش وارد آمده بود، به شهادت رسيد. قبر ايشان را نخست از ترس خوارج مخفي نگاه داشتند و از اواسط قرن 2 هـ ق به بعد اين قبر شناخته شد و به صورت بزر‌گ‌ترين زيارتگاه شيعيان درآمد. حضرت علي (ع)، تا زماني كه حضرت فاطمه (س) زنده بود، زني ديگر اختيار نكرد؛ ولي پس از وفات ايشان، زنان متعدد گرفت و صاحب فرزندان متعدد نيز گرديد كه معروف‌ترين آنها محمد حنيفه و حضرت ابوالفضل عباس مي‌باشد. لسان الملك سپهر، در كتاب خويش ماجراي به شهادت رسيدن حضرت علي (ع)، وصيت‌هاي ايشان به فرزندان خويش، امام حسن و امام حسين (ع)، معجزات حضرت علي (ع) و سخن گفتن ماهي با حضرت علي و... را ذكر كرده است.